AI · Knowledge Graph
VektorPedia
Mesin pencari yang menemukan serangga vektor virus tanaman dengan mengintegrasikan empat knowledge graph publik dan menjalankan analisis jaringan di atasnya.
- Peran
- Peneliti & Engineer (Tesis magister)
- Durasi
- Agu 2022 — Des 2023
- Konteks
- IPB University
- Stack
- Python
- Vue
- SPARQL
- Knowledge Graph
- Network Analysis
Masalah
Virus tanaman menyebar melalui serangga, tetapi pengetahuan tentang serangga mana yang membawa virus apa tersebar di banyak database keanekaragaman hayati. Peneliti dan praktisi penyakit tanaman tidak punya satu tempat untuk bertanya: "serangga apa saja yang kemungkinan menjadi vektor virus ini?"
Konteks
Ini adalah tesis magister saya di IPB University. Datanya sebenarnya sudah tersedia secara publik — di Global Biotic Interactions (GloBI), Wikidata, DBpedia, dan ontologi NCBI Taxonomy — tetapi dalam bentuk, identifier, dan tingkat kelengkapan yang berbeda-beda.
Solusi
Saya membangun VektorPedia, mesin pencari yang didukung knowledge graph keanekaragaman hayati yang terintegrasi. Data dari keempat sumber diambil dan diselaraskan menjadi satu graf yang menangkap hubungan antara serangga, virus, dan tanaman. Analisis jaringan pada graf itu memunculkan dan memberi skor pada kandidat serangga vektor.
Arsitektur
Detail lapisan
GloBI · Wikidata · DBpedia · NCBITaxon
Empat knowledge graph publik yang mendeskripsikan spesies, taksonomi, dan interaksi biotik.
Tantangan teknis
- Sumber yang heterogen — setiap knowledge graph memakai identifier dan kosakatanya sendiri, sehingga entitas harus diselaraskan dulu sebelum analisis apa pun bisa bermakna.
- Sinyal dari struktur — data interaksinya jarang; analisis jaringan dipakai untuk menyimpulkan kandidat vektor dari cara spesies saling terhubung, bukan hanya dari catatan langsung.
- Dari riset menjadi produk — mengubah pipeline riset menjadi aplikasi pencarian yang bisa dipakai dalam waktu sekitar tiga bulan.
Dampak
- knowledge graph publik terintegrasi
- 4knowledge graph publik terintegrasi
- dari desain hingga aplikasi ter-deploy
- 3 blndari desain hingga aplikasi ter-deploy
- publikasi terindeks
- Scopuspublikasi terindeks
Penelitian ini dipublikasikan di jurnal terindeks Scopus (JISEBI, 2024) dan di-deploy di vektorpedia.ipb.ac.id.
Pelajaran
Knowledge graph kuat justru karena membawa konteks — tetapi sebagian besar usahanya ada pada pekerjaan penyelarasan yang tidak glamor. Pengalaman pencarian yang baik di atasnyalah yang membuat riset bisa dipakai oleh orang di luar laboratorium.